Index

_

__init__() (pybedtools.bedtool.BedTool method) (pybedtools.cbedtools.Interval method) (pybedtools.contrib.IntersectionMatrix method) (pybedtools.contrib.plotting.BedToolsDemo method) (pybedtools.contrib.plotting.ConfiguredBedToolsDemo method) (pybedtools.contrib.plotting.Track method) (pybedtools.contrib.plotting.TrackCollection method)

A

absolute_distance() (pybedtools.bedtool.BedTool method) add_color() (in module pybedtools.featurefuncs) all_hits() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

annotate() (pybedtools.bedtool.BedTool method) any_hits() (pybedtools.bedtool.BedTool method) as_intervalfile() (pybedtools.bedtool.BedTool method) at() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

B

bam_to_bed() (pybedtools.bedtool.BedTool method) bam_to_bigwig() (in module pybedtools.contrib.bigwig) bam_to_fastq() (pybedtools.bedtool.BedTool method) bed2gff() (in module pybedtools.featurefuncs) bed6() (pybedtools.bedtool.BedTool method) bedgraph_scale() (in module pybedtools.featurefuncs) bedgraph_to_bigwig() (in module pybedtools.contrib.bigwig)

bedpe_to_bam() (pybedtools.bedtool.BedTool method) BedTool (class in pybedtools.bedtool) BedToolsDemo (class in pybedtools.contrib.plotting) bgzip() (pybedtools.bedtool.BedTool method) bigbed() (in module pybedtools.contrib.bigbed) bigbed_to_bed() (in module pybedtools.contrib.bigbed) binary_heatmap() (in module pybedtools.contrib.plotting) binary_summary() (in module pybedtools.contrib.plotting)

C

cat() (pybedtools.bedtool.BedTool method) center() (in module pybedtools.featurefuncs) chromsizes() (in module pybedtools.helpers) chromsizes_to_file() (in module pybedtools.helpers) cis_trans_interactions() (in module pybedtools.contrib.long_range_interaction) cleaned_intersect() (in module pybedtools.contrib.venn_maker) cleanup() (in module pybedtools.helpers) closest() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

cluster() (pybedtools.bedtool.BedTool method) colormap_normalize() (pybedtools.bedtool.BedTool method) complement() (pybedtools.bedtool.BedTool method) ConfiguredBedToolsDemo (class in pybedtools.contrib.plotting) count() (pybedtools.bedtool.BedTool method) count_hits() (pybedtools.bedtool.BedTool method) coverage() (pybedtools.bedtool.BedTool method) create_interval_from_list() (in module pybedtools.cbedtools) cut() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

D

debug_mode() (in module pybedtools)

E

each() (pybedtools.bedtool.BedTool method) example_bedtool() (in module pybedtools.bedtool)

example_filename() (in module pybedtools.filenames) expand() (pybedtools.bedtool.BedTool method) extend_fields() (in module pybedtools.featurefuncs)

F

field_count() (pybedtools.bedtool.BedTool method) file_type (pybedtools.bedtool.BedTool property)

filter() (pybedtools.bedtool.BedTool method) five_prime() (in module pybedtools.featurefuncs) flank() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

G

genome_coverage() (pybedtools.bedtool.BedTool method) get_chromsizes_from_ucsc() (in module pybedtools.helpers) get_tempdir() (in module pybedtools.helpers)

gff2bed() (in module pybedtools.featurefuncs) greater_than() (in module pybedtools.featurefuncs) groupby() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

H

head() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

I

igv() (pybedtools.bedtool.BedTool method) intersect() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

IntersectionMatrix (class in pybedtools.contrib) Interval (class in pybedtools.cbedtools) introns() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

J

jaccard() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

L

less_than() (in module pybedtools.featurefuncs) liftover() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

links() (pybedtools.bedtool.BedTool method) list_example_files() (in module pybedtools.filenames)

M

map() (pybedtools.bedtool.BedTool method) mask_fasta() (pybedtools.bedtool.BedTool method) merge() (pybedtools.bedtool.BedTool method) midpoint() (in module pybedtools.featurefuncs)

module pybedtools.contrib.venn_maker moveto() (pybedtools.bedtool.BedTool method) multi_bam_coverage() (pybedtools.bedtool.BedTool method) multi_intersect() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

N

normalized_to_length() (in module pybedtools.featurefuncs)

nucleotide_content() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

O

overlap() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

P

pair_to_bed() (pybedtools.bedtool.BedTool method) pair_to_pair() (pybedtools.bedtool.BedTool method) parallel_apply() (in module pybedtools.parallel) (pybedtools.bedtool.BedTool method)

print_sequence() (pybedtools.bedtool.BedTool method) pybedtools.contrib.venn_maker module

R

random() (pybedtools.bedtool.BedTool method) random_jaccard() (pybedtools.bedtool.BedTool method) random_op() (pybedtools.bedtool.BedTool method) random_subset() (pybedtools.bedtool.BedTool method) randomintersection() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

randomintersection_bp() (pybedtools.bedtool.BedTool method) randomstats() (pybedtools.bedtool.BedTool method) relative_distance() (pybedtools.bedtool.BedTool method) reldist() (pybedtools.bedtool.BedTool method) remove_invalid() (pybedtools.bedtool.BedTool method) rename() (in module pybedtools.featurefuncs)

S

save_seqs() (pybedtools.bedtool.BedTool method) saveas() (pybedtools.bedtool.BedTool method) seq() (pybedtools.bedtool.BedTool static method) sequence() (pybedtools.bedtool.BedTool method) set_bedtools_path() (in module pybedtools.helpers) set_chromsizes() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

set_tempdir() (in module pybedtools.helpers) shuffle() (pybedtools.bedtool.BedTool method) slop() (pybedtools.bedtool.BedTool method) sort() (pybedtools.bedtool.BedTool method) split() (pybedtools.bedtool.BedTool method) subtract() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

T

tabix() (pybedtools.bedtool.BedTool method) tabix_intervals() (pybedtools.bedtool.BedTool method) tag_bam() (pybedtools.bedtool.BedTool method) tag_bedpe() (in module pybedtools.contrib.long_range_interaction) three_prime() (in module pybedtools.featurefuncs)

to_bam() (pybedtools.bedtool.BedTool method) total_coverage() (pybedtools.bedtool.BedTool method) Track (class in pybedtools.contrib.plotting) TrackCollection (class in pybedtools.contrib.plotting) truncate_to_chrom() (pybedtools.bedtool.BedTool method) TSS() (in module pybedtools.featurefuncs)

U

union_bedgraphs() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

V

venn_maker() (in module pybedtools.contrib.venn_maker)

W

wig_to_bigwig() (in module pybedtools.contrib.bigwig) window() (pybedtools.bedtool.BedTool method)

window_maker() (pybedtools.bedtool.BedTool method) with_attrs() (pybedtools.bedtool.BedTool method)